Inagua compte trois parcs nationaux et est une destination idéale pour les voyageurs intéressés par l'écotourisme. L'Inagua National Park, qui couvre la moitié de la superficie de Great Inagua, abrite la plus grande colonie de West Indies Flamingos, l'oiseau national des Bahamas, des sites de nidification du perroquet des Bahamas en voie de disparition, et le plus grand lac du pays, le lac Rosa. C'est également une zone de reproduction importante pour de nombreux autres oiseaux. Sur Little Inagua, on retrouve un parc terrestre et marin, Little Inagua National Park. C'est la plus grande île inhabitée de la Caraïbe et un site de nidification pour les espèces de tortues marines en danger critique d'extinction. La réserve nationale d'Union Creek est une crique fermée, où les scientifiques étudient la tortue verte, une espèce menacée depuis 1965.